福建梁野山国家级自然保护区具有较高的科研价值。保护区对研究中国南方红豆杉这一古老濒危物种的自然更新演替有重要意义。保护区过渡地带复杂的区系成分,对动植物区系的起源与进化研究具有极高的价值。